Le 14 octobre 2025, JetBlue, ainsi que plusieurs autres grandes compagnies aériennes américaines, a connu d'importantes perturbations de ses activités, avec 525 annulations de vols et 4 855 retards signalés à l'échelle nationale. Ces perturbations ont été attribuées à une combinaison de conditions météorologiques extrêmes et d'une fermeture du gouvernement américain en cours, qui a bloqué des milliers de passagers. Les aéroports de Nashville, New York, Seattle, Cincinnati, Boston et Indianapolis ont été particulièrement touchés par ces problèmes. Avant ces événements, JetBlue avait émis des alertes de voyage et des dispenses en raison d'un nor'easter qui devait avoir un impact sur la côte Est.